弥助が本能寺の変の時に本能寺にいたという話は小説等の創作物には見られます。（榊山潤『築山殿行状』など）
東京大学史料編纂所准教授の岡美穂子氏（と思われるアカウント）は以下のポストをX上でしました。
しばらく来ないと言ったが、丁寧に専門的な知識を求められると回答せずにいられない性質なので、立ち寄ってしまった。弥助が本能寺の変の日に、信長と一緒に居て、信長の死後、信忠のところへ行き、最後まで刀を持って戦ったことは、イエズス会史料にはっきり書かれています。
（既に削除されている）
だが、弥助が本能寺にいたとは史料に書いてありません。
又ビジタドールが信長に贈つた黑奴が、信長の死後世子の邸に赴き、相當長い間戰つてゐた處、明智の家臣が彼に近づいて、恐るゝことなく其刀を差出せと言つたので之を渡した。家臣は此黑奴を如何に處分すべきか明智に尋ねた處、黑奴は動物で何も知らず、又日本人でない故之を殺さず、印度のバードレの聖堂に置けと言つた。之に依つて我等は少しく安心した。
（『耶蘇会の日本年報 第1輯』村上直次郎 訳註 昭和18年）
信長の求めによって巡察使が彼の許に残していった黒人（カフル）が信長の死後、世子の邸へ行き同所で長い間戦っていたので我らは少なからず心配していたが、明智の一家臣が彼に近づき、恐れずに刀（カタナ）を（棄てるよう）求めたところ、彼はこれを差し出した。別の家臣が明智の許に行き、黒人（カフル）をいかにすべきか問うたところ、その黒人（カフル）は動物（ベステイアル）であって何も知らず、また日本人でもないから彼を殺さず、インドの司祭たちの教会に置くように命じた。これによって我らは幾分落ち着き始めたが、
（『十六・七世紀イエズス会日本報告集』第3期 第6巻,松田毅一 監訳 1991)
「信長の死後、世子の邸へ行き」であって、本能寺から世子（織田信忠）の邸の妙覚寺（あるいはその後移動した二条新御所かもしれないが）に行ったとは書いてません。この件については既に多くの人がツッコミを入れてますね。
ところで「信長の死後、世子の邸へ行き」とあるのだから、弥助は妙覚寺に最初からいたわけでもないことになります。おそらく京の町のどこかに宿をとっていたのでしょう。
『信長公記』に小沢六郞三郞が二条新御所に向かった様子が描かれています。
さる程に、小沢六郞三郞、鳥帽子屋の町に寄宿これあり。信長公御生害の由承り、此の上は、三位中將信忠卿御座所へ参り、御相伴仕るべきの由、申され候。亭主を初め、隣家の者ども走り寄り、二条の御構へも早く取り巻き候間、御一手になるべからず候、所詮隠しおき、扶申べく申す候間、罷り退かれ候へと、色々異見候へども、同心なく、身方の体にもてなし、纒を打ちかづき、町通二条へあがられ候、
小沢六郞三郞の場合は「身方（みかた）」のふりをして、「纒を打ちかづき（どういう意味か自分にはわかりませんが要するに何かに偽装したのではと思います）」、二条新御所入りしたみたいですが、弥助の場合はそうもいかないでしょう。もっと早い段階（明智軍がまだ到着してない頃）に信忠の元に駆け付けたのではないかと推測します。
「信長の死後」とありますから、本能寺に駆け付けるのは間に合わなかったのでしょう。そもそも信長が死んだことは確認しようが無いと思われるので、行っても無駄だという情報がもたらされたのではないかと思います。そして弥助が信忠の元に早い段階で駆け付けたのだとすれば、弥助は信忠の宿所である妙覚寺の近くに寄宿していたのではないかと推測できるのではないかと思います。
(訂正 9/17 17.00)
妙覚寺 中京区大恩寺町
そしてこの仮説を正しいとして、さらに仮説を重ねるなら
弥助の主人は織田信忠だったのではないか？
という、おそらく今まで誰も主張してなかったことが導かれるのではないかと思うのであります。
もちろん『家忠日記』天正10年4月19日の記事によれば、その時点での弥助の主人が信長だったことは疑いないところであります。ただし、その後6月2日の本能寺の変までずっと信長が主人だったとは限らないと思うのです。『信長公記』に天正10年3月26日に信長が信忠に「天下の儀も御与奪ならるべき旨、仰せらる」とあります。甲州征伐から帰陣した後に弥助も信忠に与えたという可能性はあるのではないかと思います。
